Настанак иконостаса цркве Св. Јована Крститеља спада у епске и мученичке странице историје српског народа у XX веку. Овај иконостас је настао у заробљеништву у Немачкој, за потребе православне капеле српских војника у заробљеничком логору Бадсулзи. Дуборез на иконостасу је радио архитекта и универзитетски професор Григорије Самојлов.
Иконостас је пренет 1945. године у Београд и постављен је у некадашњу капелу Учитељске школе „Краљица Наталија“. Ходом друштвених прилика, одвајањем Цркве од просветног система размонтиран је, однет у Патријаршију, а одатле у капелу Св. Јована Крститеља на Централном гробљу.
Човек који је био најзаслужнији за настанак иконостаса, Григорије Иванович Самојлов (1904-1989), потомак је козачке породице која је после Октобарске револуције, 1921. године, нашла уточиште у Краљевини СХС. Прва сликарска знања стекао је у Средњој уметничкој школи у Русији. У новој отаџбини је завршио најпре Војну гимназију, а затим Архитектонски одсек Техничког факултета. Радио је у архитектонском бироу архитекте Александра Ђорђевића, а потом као асистент на Катедри за византијску и стару српску архитектуру Техничког факултета.
Самојлов је између два светска рата радио пројекте стамбених кућа, заправо вила за отменије слојеве Београђана. У домену црквене архитектуре истичу се Самојловљеви пројекти цркве Св. Архангела Гаврила на Топчидерском гробљу, црква Рођења Св. Јована Крститеља у Вучју и капела на Руском гробљу у Њујорку. Осмислио је ентеријер цркве Св. Саве у Кливленду и ентеријер и иконостас православне цркве у Бања Луци. Док је боравио у логору Бадсулзи није могао да има информацију да је црква у Бања Луци порушена од усташа 1941. године. Упркос свему његов дух је стварао. Плод те несаломивости је иконостас за заробљеничку капелу, који је настао у тешким условима и из жеље да се покаже какву културу имају Срби.
Логор Бадсулзи се налазио код злогласног Бухенвалда. Професору и ратном команданту помагали су војници који су се одрицали пакета и следовања у замену за алат и материјал. На овакав начин је иконостас који се данас налази у цркви Рођења Св. Јована Крститеља настао кроз подвиг и исповедништво. Треба напоменути да је Самојлов могао да избегне заробљавање код Сребренице 1941. године, али је из солидарности са обичном војницима скинуо официрске еполете и определио се за њихову суморну и неизвесну будућност. Такође му је као рођеном Русу нуђено да се врати и да не проводи заробљеничке дане са Србима који су увредили Трећи Рајх и са њиме заратили. Студент и асистент Београдског универзитета на такав чин није могао да се одважи и да напусти своје ратне другове.
У лагеру Бадсулзи Срби су били народ који је последњи организовао свој верски живот. Инертност заробљеника из редова војске Краљевине Југославије изазивала је подсмехе Хитлерових официра који су били опијени својим победама и уверењем о припадности некој вишој раси. Један официр је пролазећи кроз логорски павиљон прокоментарисао одсуство српског интересовања за ствари вере: «Зар Срби и имају културу?». Наравно, то је пробудило добро познату карактерну особину српског народа – инат, који је у лагеру Бадсулзи задивио и Немце и остале народе. Срби су једну бараку преуредили за капелу, а Григорије Самојлов се прихватио сликарског и дуборезачког посла.
Целокупни алат за дуборез је направљен од челичних отпадака и коњских потковица, док су за дрвену конструкцију и подлогу за иконе послужили храстови прагови од старог искиданог железничког колосека. Нека иконографска решења осликавају тадашњи историјски тренутак у коме су се налазили творци иконостаса. Наиме, Спаситељ је приказан са рукама везаним конопцем који символизује «окове, везе и ропство Срба и свих православних Хришћана». На јужним дверима, испод ђаконског стихара Св првомученика и архиђакона Стефана се види српска војничка униформа.
Иконостас је класичне израде за то доба и сем по пореклу и услова у коме је настао нема неке веће вредности. Остале престоне иконе су, поред Богородичине и Господње, Св. Никола Мирликијски (најучесталије крсно име код Срба) и Св. Сава (заштитник српског народа). На северним дверима Св. Архангел Михаило је у ратничком ставу. Далеко од мирноће византијског типа и наглашене продуховљености средњевековља, више је представљен као борац за правду и као осветник. Док је радио, Григорије Самојлов је желео да направи олтарску преграду „у српско-византијском стилу“. На царским дверима је уобичајена сцена Благовести. На епистилу су представљени Св. Јован Крститељ, Св. апостол Филип, Св. апостол Јаков, Св. апостол Лука, Св. апостол Матеј, Св. апостоли Петар и Павле, Св. апостоли Вартоломеј и Варнава, Св. апостол Марко, Св. Јован Богослов, Св. апостол Андреј, Св. апостол Тадеј, Св. апостол Тома. Са леве и десне стране Тајне Вечере су представе великих празника: Цвети, Крштење Господа Исуса Христа, Васкрсење, Рођење Господа Исуса Христа, Преображење и Силазак Св. Духа на апостоле. На средини ка врху иконостас се завршава Деисисом.
Рестаурацију иконостаса је урадио академски сликар и протођакон Марко Илић 1974. године. Овај иконописац модерног доба (1937-1987) је свој задатак, који му је поверио патријарх Герман, обавио предано, стручно и са успехом, а реч је било о „пресликавању и досликавању икона и дотичним радовима на орнаментисању у храму“. Сви ови радови су комисијски примљени 18. јула 1974. године.